En el conjunto de su producción, Bergognone tiende a componer con simetría y reposo antes que con tensión dinámica. Un esquema que se repite en distintos formatos coloca a la Virgen entronizada de frente en el centro, flanqueada por santos y, con frecuencia, por retratos de donantes arrodillados en pares especulares: así aparece en una Madonna en trono hoy documentada en una colección de Busto Arsizio, donde San Juan Bautista y una santa se yerguen a los costados mientras los comitentes Giovanni Borromeo y Cleofe Pio da Carpi rezan de rodillas en la base, con parejas de querubines llenando los ángulos superiores. Ese armazón compositivo aparece tanto en retablos de gran escala —la Virgen con santos de Londres mide 187,5 por 129,5 centímetros— como en tablas devocionales pequeñas, de apenas 45 centímetros, algunas rematadas en arco de medio punto, formato típico de la imagen para uso privado y mirada de cerca. Para los encargos de iglesia trabajó también en formato de políptico: las fuentes documentan dos polípticos para los altares de la Certosa, además de otro, hoy en Bérgamo, al que le falta justamente el panel central. Sus figuras se insertan en espacios de perspectiva construida —logias, pórticos, fondos arquitectónicos— antes que en campos dorados abstractos; una de sus pequeñas Vírgenes con Niño llega a situar la escena delante de un edificio real todavía en obra, la propia fachada de la Certosa, con monjes distribuidos en distintos planos de profundidad, uno de ellos observando los trabajos desde un registro más bajo. La relación entre figura y fondo alterna así entre agrupamientos frontales y jerárquicos para los grandes retablos públicos y escenas más ancladas en un espacio concreto para los paneles de devoción privada, una dualidad que atraviesa toda su producción catalogada y no distingue una fase temprana de una tardía.
El cromatismo de Bergognone se describe en la crítica especializada como una prolongación, y a la vez una corrección, de la paleta de Vincenzo Foppa: un estudio de 1945 (Pischel Franschini) caracteriza una de sus Madonnas certosinas como una repetición del "carattere luministico grigio" de Foppa, "ravvivata da più calde gamme cromatiche", es decir, animada con rangos de color más cálidos que templan la base grisácea heredada del maestro. Esa base gris entra en contraste con la paleta que la propia crítica atribuye a Foppa en obras como I Tre Crocifissi de la Accademia Carrara, descrita como una "gamma cromatica terrosa" que se vuelve trágica bajo la luz rasante. En los incarnati de una de sus tablas certosinas, el color se describe como "argenteo" —plateado—, con un tono cinéreo que una ficha de catálogo deriva explícitamente del mismo Foppa. Esa combinación de base fría y toques cálidos convive, en obras del entorno lombardo-fiamenco, con elementos de naturaleza muerta pintados con precisión de color: un rosario de cuentas de vidrio rojo, una manzana, un reloj de arena, descritos en la ficha de catálogo de una Anunciación certosina como huellas directas del contacto con la pintura flamenca.
En materia de técnica y soporte, su obra documentada abarca tanto la tempera sobre tabla —una pequeña Madonna con Bambino del Fondo Lochis, hoy en la Accademia Carrara, está descrita en ficha técnica como "tavola/pittura a tempera", con la aureola trabajada en oro punzonado— como el óleo sobre tabla en formatos mayores, y el fresco al muro para los grandes ciclos de la Certosa y de Milán. En al menos un fresco atribuido a su círculo por análisis estilístico, la ficha de catalogación describe la técnica de los incarnati con precisión: una capa de base verdosa, realces blancos y veladuras rosadas superpuestas, procedimiento de derivación tardogótica para modelar la carne bajo la pintura mural. Una comparación documentada entre una tabla de la Accademia Carrara y un fresco del mismo tema, antes en Santa Maria presso San Satiro y hoy en depósito de la Brera, permite establecer que Bergognone reutilizó el mismo cartón preparatorio para ambas versiones, con diferencias atribuibles a retoques posteriores sobre el muro. La ejecución de las anconas de madera tallada para sus retablos certosinos no fue tarea solitaria: una de 1494, tallada por Ambrogio junto con Giovanni Pietro de Donati, fue dorada y coloreada por un tercer especialista, el dorador Antonio Raimondi, antes de que Bergognone completara la ornamentación pictórica de las zonas de la capilla que la ancona no cubría.
La iconografía de Bergognone gira de manera insistente en torno a la Virgen con el Niño, tema que multiplicó en variantes de formato y escala a lo largo de toda su carrera documentada. En los grandes ciclos certosinos, esa devoción convive con un componente dinástico explícito: los frescos del crucero incorporan los retratos de Francesco Sforza y de Ludovico il Moro dentro de escenas religiosas, siguiendo una práctica de patronazgo que identifica a los duques con los protagonistas históricos de la fundación del monasterio. En otros encargos, son los propios comitentes privados —Giovanni Borromeo, Cleofe Pio da Carpi— los que se incorporan a la escena sacra como figuras orantes identificadas por nombre, según consta en la ficha catalográfica de su retrato en la Madonna en trono ya citada. Los fondos de paisaje no son genéricos: se ha identificado en el fondo de una de sus Madonnas la silueta reconocible de la isla de San Nicola di Tremiti y su abadía, y en otro caso el paisaje reproduce el estado real de construcción de la Certosa. La crítica atribuye este tipo de precisión, y el gusto por los objetos de naturaleza muerta en primer plano, al contacto documentado de Bergognone con pintores como Zanetto Bugatto y Antonello da Messina, canal por el cual llegaron a su repertorio motivos de origen flamenco y provenzal.
La luz cumple, según la crítica especializada, una función narrativa antes que puramente óptica. Una ficha de catálogo describe explícitamente la luz de una Anunciación certosina como "luce usata come ausilio alla narrazione": una luz de tarde que atraviesa una logia y funde, en palabras de esa misma ficha, la cultura de allende los Alpes con la intimidad de un interior lombardo. Un texto de divulgación académica (Istituto Italiano Edizioni Atlas) resume ese rasgo como una "sensibilità luministica" propia del pintor que "addolcisce i passaggi chiaroscurali e ingentilisce le forme" —suaviza los pasajes de claroscuro y atenúa el modelado duro de las formas— a diferencia del manejo más óptico y dramático de la luz que la misma fuente atribuye a Foppa en sus primeras obras. Esa preferencia por transiciones tonales suaves es compatible, sin embargo, con el uso de una base cromática fría en los incarnati, descrita en otra ficha técnica como una capa verdosa cubierta de realces blancos y veladuras rosadas: el contraste de valores se resuelve así por superposición de capas antes que por oposición violenta de luz y sombra.